种子专项针对中国新时期粮食安全、生态安全及农业发展等重大战略需求，由中国科学院联合院内外30家优势单位协同攻关，聚焦水稻、小麦等主要农作物和鱼等动物，以实现“一增二减”(增产提质、减投提效、减损促稳)为核心目标，最终实现精准创造增产10%-20%、减投15%-20%和减损15%-20%的动植物品种。
种子专项还引领水产设计育种。中国科学院院士、中国科学院水生生物研究所研究员桂建芳团队首次提出“双三倍体”概念，创建基于生殖方式转换的设计育种技术体系，培育出具有高产、抗病、节粮三大优势性状的异育银鲫“中科6号”候选新品种，其生长速度、养殖存活率、饲料效率比“中科3号”分别平均提升25.0%、66.5%、20.1%。该团队还结合基因编辑创建育性可控设计育种技术体系，创制出可用于养殖的无肌间刺异育银鲫。
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